Utwór ten ma znaczenie metafizyczne. Porusza on problem ludzkiego przeznaczenia oraz możliwości dokonywania przez nas wyborów.
Pierwsze wersy piosenki wskazują na to, że każda osoba czerpie choć cząstkę ze swoich przodków i poprzedników. Wokalista zadaje sobie i odbiorcom pytanie: czy dostajemy to czego chcemy i na co zapracowaliśmy, czy mimo wszystko jest to z góry narzucona nam ścieżka? Utwór "Molecules" można potraktować jako bezprośredni zwrot do wszechświata lub Boga. Osoba mówiąca przyznaje adresatowi, że nigdy przedtem nie była wobec niego tak lojalna i szczera. Bohater piosenki zastanawia się, czy rzeczywiście posiada wolną wolę. Przyznaje, że jest częścią Ziemi i gdyby nie wydarzenia, które miały miejsce w przeszłości oraz ludzie, którzy żyli na naszej planecie, na pewno nie byłby taką osobą, jaką jest teraz.
Powtarzanie wersów: "może teraz jest czas by żyć" oraz "jesteśmy tylko fragmentami wielkiego zderzenia", potęguje poczucie współistnienia z innymi ludźmi oraz otaczającym nas światem.
