Tematem piosenki są podobno wszystkie fanki Jacksona, które - potencjalnie - mogłyby go oskarżyć o... spłodzenie im dziecka. Jackson czuł się łakomym kąskiem i widocznie takie sytuacje już mu się zdarzały. Napisał Billie Jean żeby pokazać wszystkim im, że wie co knują i nie da się tak łatwo wpędzić w maliny.
Utwór jest podobny zainspirowany szczególnie jednym przypadkiem. Kobiety, która w 1981 roku napisała do Jacksona list z informacją, że jest ojcem jednego z jej bliźniaków. Szach mat, Michael, z tego się nie wywiniesz. Tekst piosenki zaczyna się od opisu kobiety, która ma wyraźną ochotę na artystę. On, oczywiście, nie odmówi wesołej nocy z pięknością. Tylko jedna rzecz go niepokoi - ona mówi, że jest "jedynym". A przecież to tylko jednonocna przygoda. Jego czujność jednak została uśpiona przez niezwykłą urodę i powszechne uwielbienie dla kobiety, a przecież rodzina mówiła, ostrzegała - nie pogrywaj z kobietami, to się na tobie zemści.
I zemściło - ciąża, dziecko. Jak do tego doszło? - zastanawia się Jackson. Nie posłuchał słów matki, która ostrzegała, że kłamstwo z czasem staje się prawdą. I wylądował po uszy w kłopotach. Kłopotach spowodowanych przez piękną Billie Jean, która utrzymuje, że jest ojcem jej dziecka.
