Paktofonika powstała w 1998 roku z inicjatywy Wojciecha „Fokusa” Alszera, który do współpracy zaprosił Sebastiana „Rahima” Salberta – byłego członka formacji 3xKlan oraz Piotra „Magika” Łuszcza znanego z występów w trio Kaliber 44.

Pierwsze utwory zespołu („Priorytety”, „Ja to ja” i „Gdyby”) powstały w październiku 1998 roku. Następnie skład uzupełnił DJ Bambus oraz beatbokser Marcin „Sot” Zięba. Produkcje zespołu zyskały zainteresowanie wytwórni R.R.X, z którą Paktofonika podpisała umowę. Ostatecznie w wyniku nieporozumień kontrakt został zerwany.

Paktofonika powstała w 1998 roku z inicjatywy Wojciecha „Fokusa” Alszera, który do współpracy zaprosił Sebastiana „Rahima” Salberta – byłego członka formacji 3xKlan oraz Piotra „Magika” Łuszcza znanego z występów w trio Kaliber 44.

Pierwsze utwory zespołu („Priorytety”, „Ja to ja” i „Gdyby”) powstały w październiku 1998 roku. Następnie skład uzupełnił DJ Bambus oraz beatbokser Marcin „Sot” Zięba. Produkcje zespołu zyskały zainteresowanie wytwórni R.R.X, z którą Paktofonika podpisała umowę. Ostatecznie w wyniku nieporozumień kontrakt został zerwany.

Wiosną 2000 roku zespół podpisał nowy kontrakt płytowy z wytwórnią Gigant Records. Wakacje tego roku grupa spędziła w Witten w Niemczech, gdzie nagrała utwór „2 kilo” z niemieckimi artystami. Muzycy nagrali również freestyle’e, w których uczestniczyli Magik, Fokus, Kams i L.O.

W marcu 2000 roku do sprzedaży trafiła kompilacja Usta Miasta Kast zrealizowana przez Igora „IGS-a” Sobczyka. Na płycie znalazł się wspólny utwór Paktofoniki i składu JedenSiedem zatytułowany „A robi się to tak...”.

18 grudnia tego samego roku ukazała się pierwsza płyta zespołu, zatytułowana Kinematografia. Na wydawnictwie znalazły się utwory „Chwile ulotne” i „Jestem Bogiem”, które cieszyły się znaczną popularnością w Polsce – oba były notowane na listach przebojów Polskiego Radia. Do produkcji debiutu, grupie posłużyły m.in. sample z piosenek „Those Were The Days My Friend” – Mary Hopkin i „Suzanna” z repertuaru The Art Company. Ponadto w utworze „Jestem Bogiem” wykorzystano m.in. fragment rozmowy telefonicznej anonimowego słuchacza z redaktorem Radia Maryja, znanej jako Trzy słowa do ojca prowadzącego.

26 grudnia 2000 roku, osiem dni po premierze debiutanckiej płyty, rankiem o godzinie 6.15 Łuszcz wyskoczył przez okno ze swojego mieszkania w Katowicach-Bogucicach. W stanie ciężkim został przetransportowany do szpitala, gdzie około godziny 6.45 zmarł. Domniemaną przesłanką jego działania była próba uniknięcia zasadniczej służby wojskowej poprzez symulowanie złego stanu zdrowia psychicznego, które w konsekwencji doprowadziło do rzeczywistego uszczerbku na zdrowiu. Po śmierci Magika zespół kontynuował działalność koncertową, emitując fragmenty wykonywane przez Magika ze ścieżki dźwiękowej. Koncertowy skład uzupełnili ponadto Sebastian „DJ Bambus” Michalski i popularny w podziemiu artystycznym beatbokser Marcin „Sot” Zięba, którego udział w występach stanowił novum na polskiej scenie muzyki hip-hopowej.

W roku 2001 fragment utworu „Ja to ja”, śpiewany gościnnie przez Piotra „Gutka” Gutkowskiego, znalazł się w telewizyjnej reklamie lodów. Odbyło się to bez zgody zespołu, lecz w porozumieniu z wydawnictwem Gigant Records. Wkrótce potem ukazał się minialbum Jestem Bogiem, na którym znalazły się 3 utwory z pierwszej płyty oraz 5 remiksów i teledysk.

W kwietniu roku 2002 zespół został nagrodzony Fryderykiem za najlepszy album hiphopowy w roku 2001. 25 września tego samego roku wydano drugą, pożegnalną płytę formacji pt. Archiwum kinematografii, na której znalazły się m.in. utwory zarejestrowane podczas sesji nagraniowych pierwszej płyty. Materiał w obawie przed zarzutami środowiska hip-hopowego o komercjalizację nie był promowany podczas koncertów.

21 marca 2003 roku zespół zagrał pożegnalny koncert w Spodku w Katowicach. Wraz z biletami uczestnicy koncertu otrzymywali płytę z utworami zespołu. Wydano także relację z koncertu w formie DVD i VHS, jednak w 2005 roku jej sprzedaż została wstrzymana, ponieważ ukazała się nielegalnie. 16 grudnia 2008 została wydana książka autorstwa Macieja Pisuka „Paktofonika. Przewodnik Krytyki Politycznej”, obejmująca scenariusz do filmu o Paktofonice i ostatnich latach życia Piotra „Magika” Łuszcza. Rok później rozpoczęto pracę nad ekranizacją scenariusza. Reżyserii filmu zatytułowanego Jesteś Bogiem podjął się Leszek Dawid. Sceny do filmu o Paktofonice zostały nakręcone w Katowicach pomiędzy marcem a majem 2011 roku. Natomiast jego premiera odbyła się 21 września 2012 roku.