Tekst piosenki opowiada o relacji między dwiema osobami, która jest porównywana do podróży podwodnej, jaką odbywa okręt podwodny, czyli "submarine". Tekst może być interpretowany jako metafora głębokiej i intymnej relacji między dwiema osobami.
W pierwszym zwrotce wokalista opisuje to jako ostatni, najlepszy i jedyny czas, kiedy osiągnięte zostaje zrozumienie i współczucie dla drugiej osoby. Ścisłe trzymanie się siebie nawzajem, nie opuszczanie, to jedyny czas, kiedy "cenna" relacja zwycięża nad ceną.
W refrenie pojawia się powtarzające się "submarine", co jest główną metaforą piosenki. Oznacza to, że kiedy druga osoba powie "słowo" (czyli daje sygnał lub prośbę), wokalista jest gotów zawsze przyjść i dać jeszcze więcej. Jest gotów pogłębiać tę relację, jak podwodna łódź zanurza się w morzu.